Sadece Kazım Karabekir Paşa’nın kolordusu değil askerini terhis ve silâhını teslim etmeyen birlikler ve kumandanlar vatanı savunmaya başlamıştır.
Ali Fuad Paşa’nın kolordusuna mensup 23ncü Fırka (Tümen) Afyonkarahisar’da savunma hazırlıkları yapmaya devam etmektedir.
Edirne kumandanı Cafer Tayyar Paşa, Paşaili Cemiyeti ile birlikte birliklerin teşkilatlanmasını tamamlama; milis güçlerin eğitimi, hareket tarzları, hassas yerlerin savunulmasında düzenli birliklerle koordinasyon çalışmaları devam etmektedir.
Yukarıda verilen örnekler gibi yurdun her yanında hummalı hazırlıklar vardır.
M. Kemal Paşa, milletin maddî ve manevî imkânları çoktan harekete geçirdiği bir dönemden sonra Samsun’a gelir. Şehir, İngiliz (çoğunlukla Hintli askerler) bölüklerinin kontrol ve işgali altındadır. Burada fazla kalamaz ve Havza’ya hareket eder.
Erzurum’da kongre hazırlıkları sürmektedir. Kemal Paşa, önce Amasya’ya oradan Sivas’a gitme niyetindedir. Sivas’ta başkanlık edeceği bir kongre tertipleme fikrindedir fakat kimseyi toplamak mümkün olmamıştır. Herkesin gözü kulağı Erzurum kongresindedir.
Rauf Bey İzmir’e gider. Demirci Efe ve benzer çeteler, Rauf Beyi istemiyorlar, öldürmeye teşebbüs ediyorlar. Rauf Bey kaçıyor, Ankara’ya Ali Fuad Paşa’nın yanına geliyor. İzmit mebusu Abaza Süreyya ile Sivas’a hareket ediyor. Sivas’ın önde gelenleri M. Kemal Paşa’nın karşısında tutum almış. İstanbul Hükümetinin başı Damat Ferid Paşa’nın yanında yer alan Harput Valisi Ali Galib de oradadır. Ali Galib bir zabittir.
Ülke işgal altındayken bile hizipçilik devam etmiştir. İttihat ve Terakki iktidarının ülkeyi ne hale getirdiğini, ödettiği bedelleri gören halk, Millî Mücadele hareketine ihtiyatla yaklaşmıştır. Ali Kemal gibi gazetecilerin Millî Mücadele hareketini ittihatçı olarak nitelemesi, hareketin gelişimini yavaşlatmıştır. Ali Galib, M. Kemal Paşa’yı takip ediyor.
Sultan-Halife ve İttihatçı Millî Mücadele taraftarları olarak millet ikiye bölünmüştür. Sivas’ta bunlar yaşanırken, İstanbul Hükümeti M. Kemal’i azleder. Sivas’ta kendisini emniyette hissetmeyen Kemal Paşa, ani bir kararla Erzurum’a hareket eder.
Erzurum Kongresinin birtakım üyeleri, M. Kemal’in kongreye katılmasını istemezler. Bazıları, ”kordonlu üniformalı kimseyi istemiyoruz” diye bağırırlar.
Kongre üyeleri, Heyeti Temsiliye’nin vilâyet ve sancakların intihab edeceği (seçeceği) azalardan(üye) oluşmasını teklif ederler. Rauf Bey’in gayreti, Kazım Karabekir’in Hoca Raif’i ikna etmesiyle M. Kemal kongreye dahil olur. Kazım Karabekir Paşa kefil olarak önünü açar ve reis olmasını sağlar. Müzakereler esnasında Trabzon mebusları Servet ve İzzet, itirazlarını şiddetli biçimde dile getirirler. (İzzet daha sonra Samsun’dan Ankara’ya gelirken Havza’da öldürülür). Kongre 23 Temmuz 1335(1919)’de açılır, Ağustos’ta kapanır.
Kongrece belirlenen Heyet-i Temsiliyye: Mustafa Kemal, Rauf Bey, Erzurum Müftüsü sonra mebusu Hoca Râif Efendi, Trabzon mebusları İzzet ve Servet, Erzincan Nakşîbendi şeyhi Fevzi Efendi, Tokat mebusu Bekir Sâmi, Bitlis mebusu Sadullah, Mutkî Aşireti reisi Hacı Musa’dır. M. Kemal, heyetle herhangi bir çalışma yapmaya istekli değildir. Kendisinden beklenen çalışmaları yapamayan heyet, adeta kadük hale gelir. M. Kemâl, yanına Rauf Bey ve Bekir Sami’yi alarak Sivas’a döner.
Sivas Kongresi’nde “Mandacılık” uzun tartışmalara konu olur. Rafet, Kara Vasıf, İsmail Fazıl Paşa, Rauf, Câmi, Bekir Sami, Hâmî mandanın lehine, Hoca Raif Efendi, Bursa Murahhası Ahmed Nuri mandanın aleyhine fikir beyan ederler. Sonunda Amerika Senatosu’na bir mektup yazılır. Amerika’dan Türkiye’yi incelemek için bir heyet göndermesi talep edilir. Kemal Paşa daha sonra nutkunda, “Bu mektubun gönderilip gönderilmediğini hatırlamıyorum” der…
Sivas Kongresi’nde M. Kemal’e ileride hiçbir memuriyeti kabul etmeyeceğine dair yemin ettirildiği iddia edilmektedir. Yeni kurulacak devletin üst makamlarına kimlerin tayin edileceğine ilişkin hazırlıkların Sivas’ta başladığı da söylenmektedir. Başvekilliğe Fethi ya da Kazım Karabekir düşünülmüş. M. Kemal, Kazım Karabekir hakkında hakaret ve aşağılama içeren nitelemelerini de dile getirerek Fethi’yi uygun görmüş… Fevzi Paşa, zaten tartışmasız Genelkurmay Başkanı’dır.
Çeşitli kademelerdeki yöneticiler, paşalar, zabitler, gazeteciler, aydınlar, ulema; İstanbul Hükümeti ile Sivas’ta kurulacağı izlenimi verilen Anadolu Hükümeti arasında tercihte bulunurlar.
Bu ortamda Ali Fuad Paşa, kolordusunun sorumluluk alanında Millî Mücadeleye iştirâk etmeyen, vali ve diğer görevlilere baskı yapmaya hatta şiddet uygulamaya başlar. Kaotik ve hüzün verici bir altüst olma hali, her yerde kendini hissettirir. M. Kemal, Harput Valisi Ali Galib’in yakalanması için emir verir. Ali Galib , Halep’e gider. Ali Galib’in, İstanbul Hükümeti Harbiye Nazırı (MSB) Süleyman Şefik ve Dahiliye Nazırı (Bakan) Âdil’in emriyle Sivas’ı basması, Kongre üyelerini tutuklatması için Sivas’a tayin edildiği söylenir.
Sivas Heyet-i Temsiliyye ile İstanbul Hükümeti arası iyice gerginleşir. Eylül 1335(1919)’in ilk günlerinde haberleşme ve diğer temas yolları da büsbütün kapanır.
İşgalcilerle mücadelenin önüne iç çekişmeler geçer. Damat Ferid Paşa Hükümeti, Meclis-i Mebusan seçimi için her tarafa emir verir. Buna karşılık M. Kemal de seçim yapma inisiyatifini ele geçirmek için adımlar atar.
İstanbul, Ali Fuad Paşa’yı azledip yerine Kiraz Hamdi Paşa’yı tayin eder. Hamdi Paşa Eskişehir’e gelir. Tevfik Rüştü Paşa da İstanbul Hükümeti’nin adamı olarak Hamdi Paşa ile beraberdir. Ali Fuad Paşa Eskişehir’i kuşatır. Şehirde çoğunluğu Hintli askerlerden oluşan İngiliz birliği vardır. İngiliz birliği çekilir. Tevfik Rüştü, Hamdi Paşa’nın evrakına el koyarak Ali Fuad Paşa’nın yanına kaçarak saf değiştirir.
